Khi bước qua những cổng thành rêu phong, nhiều người thường tự hỏi, quần thể di tích trang nghiêm này thờ những ai?
Theo các nguồn tin tổng hợp được, Văn Miếu Quốc Tử Giám là nơi thờ Khổng Tử, Chu Công, Tứ Phối (Nhan Tử, Tăng Tử, Tử Tư, Mạnh Tử) và Thất thập nhị hiền (72 người học trò tài giỏi nhất của Khổng Tử). Ngoài ra, tại Văn Miếu cũng có khu thờ các danh nhân đã có công xây dựng và phát triển Văn Miếu, như Lý Thánh Tông, Lý Nhân Tông, và Lê Thánh Tông.
Theo Cục Di sản văn hóa, trọng tâm của sự thờ tự tại Văn Miếu chính là các bậc tiên thánh, tiên hiền của Nho giáo. Ngay từ khi được vua Lý Thánh Tông cho xây dựng vào năm 1070, mục đích của Văn Miếu đã rất rõ ràng: trở thành nơi thờ tự và giáo dục theo tư tưởng Nho học.
Chính điện, Đại Bái Đường, là nơi thờ tự các nhân vật quan trọng bậc nhất. Ở vị trí trung tâm là ban thờ Đức Khổng Tử, người sáng lập ra học thuyết Nho giáo. Phò tá hai bên ngài là Tứ Phối, bốn học trò xuất sắc nhất gồm Nhan Tử, Tăng Tử, Tử Tư và Mạnh Tử. Cùng với đó là Thất thập nhị hiền, 72 học giả tài năng khác của Khổng Tử.
Ngoài ra, Chu Công, một nhà chính trị kiệt xuất thời Tây Chu được xem là người đặt nền móng cho Nho giáo, cũng được đưa vào thờ tự. Đây chính là không gian thể hiện sự sùng kính đối với cội nguồn của đạo học phương Đông.
Bên cạnh việc thờ phụng các bậc thánh hiền của Nho giáo, Văn Miếu - Quốc Tử Giám còn là nơi ghi ơn và tưởng nhớ những nhân vật lịch sử Việt Nam đã có công lao to lớn trong việc xây dựng và phát triển nền giáo dục nước nhà.
Tại khu Thái Học ở phía sau, vốn là khu vực giảng đường của Quốc Tử Giám xưa, một không gian thờ tự trang trọng đã được dựng lại. Tầng trên của nhà Thái Học ngày nay là nơi thờ các vị minh quân đã góp phần đặt nền móng và hưng thịnh cho đạo học dân tộc, bao gồm Vua Lý Thánh Tông – người khai sinh ra Văn Miếu, Vua Lý Nhân Tông – người lập nên Quốc Tử Giám, và Vua Lê Thánh Tông – vị vua đã cho dựng bia tiến sĩ, đưa nền giáo dục Nho học lên đến đỉnh cao.

Đặc biệt, trong hệ thống thờ tự tại đây không thể không nhắc đến nhà giáo Chu Văn An, người thầy mẫu mực của muôn đời, hiệu trưởng trường Quốc Tử Giám thời Trần. Ông được coi là một biểu tượng sáng ngời về tài năng và đức độ của giới trí thức Việt Nam, và việc thờ phụng ông thể hiện sâu sắc truyền thống "tôn sư trọng đạo" của dân tộc.
Một hình thức "tôn vinh" độc đáo khác tại Văn Miếu - Quốc Tử Giám chính là 82 tấm bia đá khắc tên các vị tiến sĩ. Dù các tiến sĩ không phải là đối tượng thờ cúng theo nghĩa tâm linh, nhưng việc lưu danh họ trên bia đá đặt trang trọng trên lưng rùa đã thể hiện sự trân trọng tột bậc của quốc gia đối với trí tuệ và sự thành đạt trong học vấn. Những tấm bia này, được UNESCO công nhận là Di sản tư liệu thế giới, chính là sự vinh danh bất tử dành cho những tinh hoa của đất nước qua các triều đại.
Ngoài ra, sự đa dạng trong tín ngưỡng thờ tự tại di tích còn được thể hiện qua các điện thờ nhỏ hơn. Khu Khải Thánh trước đây được lập ra để thờ cha mẹ của Khổng Tử. Cùng với đó là miếu thờ Thổ Thần cai quản mảnh đất này và điện thờ Mẫu, cho thấy sự giao thoa hài hòa giữa Nho giáo và tín ngưỡng dân gian bản địa của người Việt.