Chùa có chữ chữ Đông Môn Tự, thảo lạc tại số 38B Hàng Đường (thuộc phường Hàng Đào cũ, nay là phường Hoàn Kiếm). Đây không chỉ là một nơi thờ tự nhiên linh thiêng mà còn là một di sản quý giá, một chứng nhân của những đổi thay nơi kinh kỳ.
Tên gọi "Cầu Đông" của gói gắn liền với một quá khứ mà ít ai ngày nay có thể hình dung. Các văn bia cổ còn lưu giữ tại chùa, đặc biệt là tấm bia “Đông Môn Tự Ký” xây dựng năm 1624, cho biết chùa gắn liền với thôn Đông Hoa Môn.
Thời đó, một nhánh của sông Tô Lịch vẫn còn hoạt động qua khu vực này, cắt ngang phố Hàng Ngày nay. Để thuận tiện cho việc đi lại qua dòng sông, dân thôn Đông Hoa Môn đã chung sức xây dựng một cây cầu bằng đá, từ đó khai sinh ra tên gọi mộc mạc "Cầu Đông" và nền chùa cạnh cây cầu cũng được gọi bằng cái tên dân dã trải.
Ven bờ cây cầu, một khu chợ hờn giận cũng hình thành, đi vào tiềm thức dân gian qua câu ca dao nổi tiếng: “Bà già đi chợ Cầu Đông / Bói xem một quẻ lấy chồng lợi chăng”…
Đặc biệt, ở đầu cầu xưa kia đã từng có một biểu tượng Phật dùng đá trong tư thế ngồi xếp bằng, miệng luôn cười tủ tỉm nên được dân gian trìu thăm gọi là "Tiếu Phật". Hình ảnh độc độc này đã trở thành nguồn cảm hứng cho nhà thơ Ngô Ngọc Du sáng tác bài "Tiếu Phật hành" trứ danh.
Thế nhưng, đến cuối thế kỷ 19, khi thực dân Pháp cho vũ đoạn sông Tô Lịch để mở mang phố xá, cây cầu đá và cả pho tượng Tiếu Phật cũng tăng biến mất, chỉ còn lại trong ký ức và tên gọi của chùa chùa.
Dù tương truyền chùa có từ thời Lý và được Linh Từ Quốc Mẫu Trần Thị Dung cho sửa sang thời Trần, những bằng chứng xác thực nhất về lịch sử chùa là những tấm bia đá ghi lại những lần trùng tu lớn vào các năm 1624, 1639, 1711 và 1816.
Văn bia năm 1639 từng mô miêu tả Đông Môn với quy hoành tráng, cảnh sắc "đẹp như cảnh tiên", phía trước là sông Nhị, sau lưng là thành Thăng Long. Trải qua quá trình biến thiên, giải mã viên tăng dần được thu hẹp nhưng vẫn giữ được cốt lõi của một danh lam cổ tự động.
Bước qua tam quan hai tầng tám mái uy nghi, du khách sẽ cảm nhận được không gian thanh tịnh tách biệt với bên ngoài. Kiến trúc chùa hiện nay chủ yếu mang phong cách thời Nguyễn, được bố trí theo hình chữ Công truyền thống, gồm Tiền đường, Thiêu hương và Thượng điện. Một nét đặc biệt là chùa Cầu Đông liền kề và chung một khoảng sân với đình Đức Môn (số 38A), nơi thờ vị tướng thời Văn Lang là Ngô Văn Long.

Dù không gian không còn rộng lớn như xưa, chùa Cầu Đông vẫn là nơi lưu giữ một kho tàng cổ vật vô cùng phong phú.
Không chỉ là một trung tâm Phật giáo theo thiên phái Tào Động, chùa Cầu Đông mà là một cơ sở cách mạng trong những năm tháng kháng chiến. Nơi đây từng có một căn hầm bí mật, nay một căn hầm vẫn nằm dưới lệnh cấm Mẫu giáo, từng là nơi che giấu an toàn cho các cán bộ Việt Minh hoạt động trong lòng vô địch.

Với những giá trị lớn về lịch sử, văn hóa, nghệ thuật và cách mạng, ngày 5 tháng 9 năm 1989, cụm di tích chùa Cầu Đông và đình Đức Môn đã được Bộ văn hoá và Thông tin chính thức xếp hạng là Di tích lịch sử văn hóa quốc gia gia, cần được quan tâm và bảo tồn.
Ghé thăm chùa Cầu Đông là một hành trình ngược dòng thời gian, để lắng nghe câu chuyện về dòng sông Tô Lịch đã mất mất, bảo vệ những sản phẩm nghệ thuật Phật giáo đỉnh cao và cảm nhận được sự an yên, thanh tịnh động và hiện đại.