Đây là một "kinh đô Công giáo" độc nhất vô nhị, kết hợp hài hòa giữa phong cách kiến trúc phương Tây và nét truyền thống Việt Nam, được xây dựng hoàn toàn bằng đá và gỗ lim.
Nhà thờ Phát Diệm không chỉ là một công trình tôn giáo, mà còn là biểu tượng của sự kiên trì, tâm huyết và đức tin mãnh liệt. Người có công lớn trong việc xây dựng nhà thờ là Linh mục Phêrô Trần Lục (thường gọi là Cha Sáu, 1825-1899), một vị linh mục tài ba, yêu nước, và có kiến thức sâu rộng về kiến trúc.

Quá trình xây dựng nhà thờ kéo dài khoảng 24 năm, với sự tham gia của hàng ngàn giáo dân và thợ thủ công lành nghề. Điều đặc biệt là vật liệu xây dựng chủ yếu là đá và gỗ lim, được vận chuyển từ các vùng núi xa xôi về. Việc khai thác, vận chuyển và chế tác đá, gỗ trong điều kiện kỹ thuật thô sơ thời bấy giờ là một kỳ công, thể hiện sự quyết tâm và lòng thành kính của cộng đồng Công giáo Phát Diệm.
Nhà thờ Phát Diệm là một quần thể kiến trúc rộng lớn, bao gồm nhiều hạng mục: ao hồ, Phương Đình (nhà chuông), Nhà thờ lớn, các nhà thờ nhỏ, hang đá nhân tạo,... Mỗi công trình đều mang một vẻ đẹp riêng, nhưng tất cả đều tuân theo một phong cách kiến trúc độc đáo, kết hợp giữa kiến trúc Gothic châu Âu (với các vòm nhọn, cửa sổ hoa hồng,...) và kiến trúc đình chùa truyền thống Việt Nam (với mái cong hình mũi thuyền, các chi tiết chạm khắc tinh xảo,...).

Điểm đặc biệt nhất của Nhà thờ Phát Diệm chính là sự kết hợp hài hòa giữa hai phong cách kiến trúc tưởng chừng như đối lập: Gothic châu Âu và đình chùa Việt Nam. Sự kết hợp này không chỉ tạo nên vẻ đẹp độc đáo, mà còn thể hiện tinh thần giao lưu văn hóa, sự hòa hợp giữa đạo Công giáo và văn hóa truyền thống Việt Nam.
Việc sử dụng đá và gỗ lim làm vật liệu xây dựng chủ đạo không chỉ tạo nên vẻ đẹp độc đáo cho Nhà thờ Phát Diệm, mà còn mang ý nghĩa về sự vĩnh cửu và trường tồn. Đá, với sự vững chắc và bền bỉ, tượng trưng cho đức tin kiên định. Gỗ lim, với vẻ đẹp sang trọng và khả năng chống mối mọt, tượng trưng cho sự cao quý và trường tồn của tôn giáo.

Việc khai thác, vận chuyển và chế tác đá, gỗ lim trong điều kiện kỹ thuật thô sơ của thế kỷ 19 là một kỳ công. Đá được lấy từ các núi đá vôi ở Ninh Bình và các tỉnh lân cận, được vận chuyển bằng thuyền bè, xe trâu, xe bò,... Gỗ lim được khai thác từ các khu rừng già, được vận chuyển bằng đường sông, đường biển,... Tất cả đều đòi hỏi sự nỗ lực phi thường và lòng thành kính của cộng đồng giáo dân.
Nhà thờ Phát Diệm không chỉ là một công trình tôn giáo, mà còn là một di sản văn hóa, lịch sử quý giá của Việt Nam. Nơi đây không chỉ là trung tâm sinh hoạt tôn giáo của cộng đồng Công giáo trong vùng, mà còn là điểm đến hấp dẫn của du khách trong và ngoài nước.
Đến với Nhà thờ Phát Diệm, du khách không chỉ được chiêm ngưỡng vẻ đẹp độc đáo của kiến trúc, mà còn có cơ hội tìm hiểu về lịch sử hình thành, về văn hóa Công giáo, và về cuộc sống của người dân địa phương. Nơi đây cũng là địa điểm lý tưởng để chụp ảnh, lưu giữ những khoảnh khắc đáng nhớ.
Nhà thờ Phát Diệm là một kiệt tác kiến trúc, một biểu tượng của sự giao thoa văn hóa Đông – Tây, và là nhà thờ đẹp nhất Ninh Bình. Đến với Nhà thờ Phát Diệm, du khách không chỉ được chiêm ngưỡng vẻ đẹp độc đáo của kiến trúc, mà còn được trải nghiệm một không gian văn hóa, tâm linh đặc sắc, và cảm nhận được sự hòa quyện giữa con người và thiên nhiên, giữa quá khứ và hiện tại.