Để trả lời cho câu hỏi này, hãy cùng khám phá nguồn gốc lịch sử, ý nghĩa tâm linh và những câu chuyện huyền bí xoay quanh cái tên đặc biệt này.
Để hiểu rõ về cái tên "Linh Ứng", chúng ta cần ngược dòng thời gian, tìm về cội nguồn lịch sử của ngôi chùa. Theo Cổng thông tin điện tử Đà Nẵng, các tài liệu lịch sử và truyền thuyết dân gian cho thấy có nhiều cách lý giải khác nhau về nguồn gốc tên gọi này.
Một trong những giả thuyết phổ biến nhất cho rằng, tên gọi "Linh Ứng" xuất phát từ câu chuyện vào thời vua Minh Mạng. Khi đó, nhà vua đến thăm cảnh Ngũ Hành Sơn và cho xây dựng lại chùa Tam Thai. Đồng thời, nhà vua cũng cho xây dựng "Dưỡng Chơn Đường" bằng gạch ngói và đặt tên là "Ứng Chơn Tự" (chùa Ứng Chơn). Tên này được khắc ghi trên tấm hoành phi hiện vẫn còn tại chùa, với dòng chữ "Ngự chế Ứng Chơn Tự, Minh Mạng lục niên phụng tạo".

Từ "Ứng Chơn" mang ý nghĩa là "ứng nghiệm" và "chân thật", thể hiện sự linh thiêng và khả năng đáp ứng mọi nguyện cầu của ngôi chùa. Theo thời gian, tên gọi "Ứng Chơn" dần được chuyển thành "Linh Ứng", có lẽ do người dân địa phương quen gọi tắt hoặc do sự biến âm trong quá trình truyền miệng.
Tên gọi "Linh Ứng" không chỉ đơn thuần là một cái tên, mà còn mang trong mình những ý nghĩa tâm linh sâu sắc. Theo quan niệm Phật giáo, "Linh" có nghĩa là linh thiêng, thần bí, còn "Ứng" có nghĩa là đáp ứng, ứng nghiệm.
Như vậy, "Linh Ứng" có thể được hiểu là sự ứng nghiệm linh thiêng, khả năng đáp ứng mọi ước nguyện của những người có lòng tin và thành tâm cầu nguyện. Tên gọi này thể hiện niềm tin của Phật tử vào sự gia hộ, che chở của Đức Phật và các vị Bồ Tát, đồng thời khuyến khích mọi người sống hướng thiện, làm điều tốt lành để nhận được sự may mắn, an lành.
Xung quanh tên gọi "Linh Ứng" còn có nhiều câu chuyện huyền bí, mang đậm màu sắc tâm linh và dân gian. Một trong những câu chuyện được kể lại nhiều nhất liên quan đến việc tìm thấy tượng Phật trên bãi biển.

Tương truyền rằng, vào thời vua Minh Mạng, dân chài ven biển phát hiện một tượng Phật trên bãi cát. Họ cho rằng đây là điềm báo linh thiêng và lập am thờ tự. Từ khi có chùa ở đây, vùng biển bỗng dưng sóng yên biển lặng, người dân làm ăn thuận buồm xuôi gió. Để ghi nhớ sự kiện này, người dân đã đặt tên cho ngôi chùa là Linh Ứng, thể hiện sự linh thiêng và ứng nghiệm của Phật pháp.
Ngoài ra, còn có nhiều câu chuyện khác kể về những điều kỳ diệu xảy ra tại chùa Linh Ứng, như những người bệnh tật được chữa khỏi, những người gặp nạn được cứu giúp, hay những người cầu nguyện đều được như ý. Những câu chuyện này càng làm tăng thêm sự linh thiêng và nổi tiếng của ngôi chùa, thu hút đông đảo Phật tử và du khách đến chiêm bái, cầu nguyện.
Dù nguồn gốc chính xác của tên gọi "Linh Ứng" có thể còn nhiều tranh cãi, nhưng ý nghĩa và giá trị tâm linh mà nó mang lại vẫn không hề thay đổi. Chùa Linh Ứng không chỉ là một ngôi chùa, mà còn là biểu tượng của niềm tin, hy vọng và lòng hướng thiện trong lòng mỗi người con Phật.